住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
有一颗神秘的光球从天而降。
忍者并不存在。 ...这就是我们的想法。即使忍者存在，他们也绝不会向我们展示自己的外貌。这就是为什么忍者不“正式”存在。主角卡场和时是一个普通的男孩，他和我们其他人一样相信忍者不存在。他被许诺过正常、快乐和光明的日子……至少他是这么想的。有一天，一时的生命受到威胁，他听说这是一名身穿盔甲的忍者所为。一时的性命为何成为攻击目标？那是因为……他是十九代忍者的合法继承者！伊卡和科卡多年来一直存在冲突，科卡试图入侵伊卡。为了让一时活下去……他别无选择，只能自己成为忍者！就这样，他沉浸在无人知晓的忍者世界中。学习、战斗、面对困难，成为一名成熟的忍者。然而，这只是一时残酷命运的开始……
