居住在宁静的孤岛·伊那国岛的少年们，突然遭遇了足球部废部的危机。取回足球的条件是，在Football Frontier的比赛中取得一胜。主人公·稻森明日人等人离开了岛，进入雷门中学并向Football Frontier发起挑战。伊那国·雷门十一人初战的对手，是排名第一的“星章学园”……
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
